Bachelorarbeit / Masterarbeit
Phytochrom von Agrobacterium tumefaciens
Das bekannte Bodenbacterium Agrobacterium tumefaciens hat zwei Phytochrome, Agp1 und Agp2. Phytochrome sind Photorezeptoren, die in zahlreichen Organismen Lichteffekte steuern, aber ihre Rolle in A. tumefaciens ist noch nicht eindeutig geklärt (Krieger et al., 2008; Oberpichler et al., 2006). Hier geht es um spektrale Änderungen von Agp2, die durch den Zellextrakt hervorgerufen werden. Solche Änderungen werden auch durch pH Änderungen hervorgerufen (Zienicke et al., 2013), sind aber hier ein Hinweis darauf, dass Agp2 mit einer noch unbekannten Substanz interagiert. Dies soll wie folgt analysiert werden:
1) Agp2 wird in ausreichender Menge gereinigt. Das Protein wird sehr gut in E. coli exprimiert, der Einbau des Chromophor Biliverdin ist einfach.
2) Das Protein wird immobilisiert (Affigel 15), d.h. es wird an eine Matrix gekoppelt
3) Zellextrakt von A. tumefaciens wird mit dem Protein gemischt. Es ist viel Zellextrakt idealerweise in hoher Konzentration notwendig.
4) Immobilisiertes Agp2 wird vom Zellextrakt getrennt.
5) Es wird gemessen, ob sich die spektralen Eigenschaften geändert haben.
6) Dann wird analysiert, was gebunden hat.
In ähnlicher Weise kann man testen, ob Agp2 mit DNA interagiert.
Die Identifikation des Interaktionspartners wäre von weitreichender Bedeutung, weil man so der biologischen Funktion näher kommt und allgemein mehr über die Wirkungsweise bakterieller Phytochrome weiß.
Literatur: