Werkzeuge für die DNA Sequenzanalyse

Eine Auswahl von regelmäßig verwendeten "Apps".

Allgemeines

Sequenzbearbeitung, Alignments und phylogenetische Bäume:

MEGA6, JalView

Erweiterungen für "Skript" Sprachen:

Perl - BioPerl

Python - BioPython

Werkzeug Sammlungen:

Emboss

 

DNA Barcoding

spideR

Eine R Erweiterung zur Distanz basierten Untersuchung von Sequenz-Alignments.

BRONX

Auf Perl basierende Skripte zur Charakter basierten Untersuchung von Sequenzen.

BLOG

Ein Programm, dass basierend auf überwachtem maschinellen Lernen Sequenzen klassifiziert wobei es Regeln anhand von diagnostischen Sequenz Merkmalen aufstellt.

DNA-BAR 

Ein Programm, dass DNA Sonden zur Unterscheidung von Mikroorganismen findet.